实验大楼配有智能化监控系统，配有自动防火、防盗报警等现代化智能设施，与实验大楼物业管理部门联网；此外走廊内配有灭火器、紧急喷淋与洗眼器、烟雾报警器等消防设施；

实验室内针对不同实验室的潜在的火情分别配置了金属灭火器、二氧化碳灭火器、水基灭火器、灭火毯等消防设施齐全；每间实验都配备应急急救药箱、防毒面具、紧急逃生装置；危险有毒药品专人负责保管；实验室的废液、废料存于安全地带，并定期有专业人士进行回收；

学校根据实际情况制定了《苏州大学实验室安全工作条例》和《学生实验守则》，实验室的所有药品均建立MSDS档案，供使用师生了解药品特性；同时药品试剂、危险化学品专人专柜保管，责任到人；

中心要求所有的实验教师和实验员每年必须参加学校组织的安全培训。每位进实验室的学生必须经过专门的安全培训，经考核通过后方可使用实验室及仪器设备。中心已将实验安全作为一门必修课程对本科生和研究生开设。

中心所在的实验大楼，由专业物业公司进行24小时不间断安全管理。

学校每学期会不定期进行实验室安全大检查，学部、学院、中心每学期也会对实验室进行安全规范自检，严格监控各种不安全因素，防止安全事故的发生；2015年7月6日，学部在本部敬贤堂举办了安全教育大会暨安全责任书签订仪式，为学部的全体师生普及了安全知识、增强了实验室安全管理与操作的意识，进一步推动了学部实验室安全教育管理体系的建设与完善。